Viện Cây ăn quả miền Nam được Thủ tướng Chính phủ thành lập theo Quyết định số 116/QĐ- TTg, ngày 26/3/1994 (tiền thân là Trung tâm cây ăn quả Long Định) và được chuyển thành Viện Nghiên cứu Cây ăn quả miền Nam theo Quyết định số 1056/1997/QĐ-TTg, ngày 09/12/1997.
Ngày 01/01/2010 Viện Cây ăn quả miền Nam trực thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam (VAAS) theo Quyết định số 3530/QĐ-BNN-TCCB ký ngày 10/12/2009 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT. Trụ sở chính của Viện đóng tại xã Long Định, huyện Châu Thành, tỉnh Tiền Giang, trên quốc lộ 1A, cách thành phố Hồ Chí Minh 75 km về phía Tây, với diện tích là 67 ha. Viện có 2 Trung tâm trực thuộc là Trung tâm Nghiên cứu Cây ăn quả Đông Nam bộ đóng tại địa bàn huyện Tân Thành, tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu với tổng diện tích là 436 ha, và Trung tâm Chuyển giao Tiến bộ Kỹ thuật đóng tại Viện. Viện có 164 cán bộ nghiên cứu viên, trong đó có 13 Tiến sĩ, 35 Thạc sĩ, 60 Đại học, còn lại là Cao đẳng và Trung học.